【www.bbyears.com--工作报告】
在混淆编译之前，我的程序可以正常运行，混淆编译时，报告如下错误：
Error:Execution failed for task ‘:gviews:transformClassesAndResourcesWithProguardForRelease'.
Java.io.IOException: The same input jar [E:\Android\myProgram\angel\libs\alipaySdk-20160825.jar] is specified twice.
首先
看一下我项目中关于此jar的配置，我在libs中导入了alipaySdk-20160825.jar，如下图：
然后在build.gradle也配置了使用此jar，compile files('libs/alipaySdk-20160825.jar')
然后
发布apk之前，对apk要进行混淆编译，对于alipaySdk-20160825.jar 在proguard-rules.pro文件中混淆处理如下：
#支付宝混淆
代码如下
-libraryjars libs/alipaySdk-20160825.jar
-keepclasscom.alipay.android.app.IAlixPay{*;}
-keepclasscom.alipay.android.app.IAlixPay$Stub{*;}
-keepclasscom.alipay.android.app.IRemoteServiceCallback{*;}
-keepclasscom.alipay.android.app.IRemoteServiceCallback$Stub{*;}
-keepclasscom.alipay.sdk.app.PayTask{public*;}
-keepclasscom.alipay.sdk.app.AuthTask{public*;}
-keepclassandroid.net.SSLCertificateSocketFactory
这是支付宝官方给的混淆代码，运行程序时就报告了开头所说的错误。
处理方法
删除在proguard-rules.pro文件夹中-libraryjars libs/alipaySdk-20160825.jar这一行就可以了。这里只写了处理方法没有写出为什么这样做，因为我不能准确的描述出这样处理的原因，说的不准确会误导到被人，所以这里给了处理方法，原因大家共同探索思考，