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1、应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。最常见的就是采集或者新旧数据转化。
解决方案：
在my.cnf文件中添加或者修改以下两个变量：
wait_timeout=2880000
interactive_timeout = 2880000
关于两个变量的具体说明可以google或者看官方手册。如果不能修改my.cnf，则可以在连接数据库的时候设置 CLIENT_INTERACTIVE，比如：
sql = "set interactive_timeout=24*3600";
mysql_real_query(…)
2、执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。比如，图片数据的处理
解决方案：
在my.cnf文件中添加或者修改以下变量：
max_allowed_packet = 10M(也可以设置自己需要的大小)
max_allowed_packet 参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。
还有一种可能是因为某些原因导致超时，比如说程序中获取数据库连接时采用了Singleton的做法，虽然多次连接数据库，但其实使用的都是同一个连接， 而且程序中某两次操作数据库的间隔时间超过了wait_timeout（SHOW STATUS能看到此设置），那么就可能出现问题。最简单的处理方式就是把wait_timeout改大，当然你也可以在程序里时不时顺手 mysql_ping()一下，这样MySQL就知道它不是一个人在战斗。
时候使用MySQL(和PHP搭配之最佳组合)命令行导入备份时会出现“MySQL(和PHP搭配之最佳组合) server has gone away”错误，这可能是因为其中一些insert语句的大小超出了MySQL(和PHP搭配之最佳组合)目前设置的缓冲区大小。
解决办法
1.使用phpmyadmin 备份MySQL(和PHP搭配之最佳组合)的时候，只选择
数据:
完整插入
扩展插入
扩展插入不要勾选
2.使用 MySQL(和PHP搭配之最佳组合)dump 备份的时候不添加 --opt
这样就只会生成完整的insert语句，导入时候不会出错。
3.修改my.ini
打开my.ini 找到[MySQL(和PHP搭配之最佳组合)d]这一行，下面添加
[MySQL(和PHP搭配之最佳组合)d]
#扩大缓冲区
max_allowed_packet=32M
保存后，重启MySQL(和PHP搭配之最佳组合)